Точная дата основания обители в честь Покрова Пресвятой Богородицы неизвестна. По некоторым сведениям, она существовала уже в конце XV века, хотя в большинстве источников говорится о XVI столетии, когда на монастырской территории располагались деревянная Покровская церковь и каменная Никольская с приделом в честь преподобного Сергия Радонежского.
Основатель обители — иеромонах Пафнутий. Его похоронили в подклете Никольского храма монастыря, который считается самым древним каменным храмом Нижегородской епархии. В XIX веке местные дворяне подали прошение епархиальному начальству об устройстве в храме придела в честь святого Пафнутия Боровского, так как балахнинский подвижник не был канонизирован. В прошлые века в Балахну на могилу иеромонаха Пафнутия верующие приезжали со всей Нижегородской губернии. До сих пор у Большого Козина есть источник, который народ окрестил в честь Пафнутия Балахнинского. В Никольской церкви пребывают вновь обретенные в 2011 году мощи основателя Покровской обители. 14 августа 2015 года был освящен храм в честь преподобного Сергия Радонежского.
Покровская церковь была построена в середине 1648 года. С 1908 года в церкви служил протоиерей Петр Новосельский, расстрелянный в 1937 году и причисленный к лику священномучеников.
Покровская церковь закрыта в 1937 году. Храмовое убранство было уничтожено. С 1950 года в церкви располагался краеведческий музей. 14 октября 2009 года был совершен первый за многие десятилетия молебен. Его совершил настоятель Никольского храма иеромонах Александр (Ионов).
В августе 2010 года церковь передана Нижегородской епархии. 14 октября 2010 года, в праздник Покрова Пресвятой Богородицы, была совершена первая со времени закрытия храма Божественная литургия.
10 апреля 2018 года митрополит Георгий совершил чин освящения крестов и куполов Покровской церкви.
В течение последних трех лет в Покровском храме велись ремонтно-реставрационные работы с целью возвратить ему исторический облик. Проект был подготовлен специалистами ООО «Региональный инженерный центр» под руководством Юрия Коваля. Росписи выполнены художниками иконописной мастерской «Ковчег» под руководством Алексея Анциферова. Иконостас изготовил арзамасский резчик Александр Жигалов. Иконы написаны в мастерской нижегородского Благовещенского мужского монастыря.
15 июня 2024 года митрополит Георгий совершил чин Великого освящения возрожденного храма в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Эта церковь является памятником архитектуры федерального значения.
Адрес: 606400, г. Балахна Нижегородской обл., пр. Революции, д. 17
Тел./факс: 8 (83144) 6-15-39
E-mail: pokrovmm@yandex.ru
Сайт: http://podpokrovom.ru/