Епископ Афанасий родился в апреле 1783 года в городе Любиме Ярославской епархии, в крещении наречен Александром. Отец его, Феодор Протопопов, был в то время любимским протоиереем и благочинным (лишившись супруги, он поступил в монашество и стал строителем в Геннадиевом Спасском монастыре, а затем — архимандритом Толгского первоклассного монастыря). Будучи человеком образованным и имевшим достаток, отец употребил все средства к наилучшему воспитанию Александра, заметив в нем с детства большие способности. Подготовив сына к духовному училищу, он отдал его учиться в Ярославскую семинарию, где все годы поддерживал средствами и отцовскими советами, внимательно наблюдал за успехами. Любимый сын, обучаясь еще в семинарии, оправдывал надежды отца. Наделенный способностями от природы, Александр Протопопов приложил к ним труд и старание. С малых лет приучался он к благородному обращению с другими, к учтивости и вежливости, и в годы учебы довелось ему много общаться с людьми образованными. Его успехи в науках и достойное поведение обратили на него внимание наставников и начальства. Александр Протопопов занимал первые места во всех семинарских классах, отличаясь основательностью и самостоятельностью суждений (не раз поручали ему не только произносить, но и сочинять речи и стихи, например, для поздравления Преосвященных). По окончании курса Протопопов, как отличный студент, оставлен был при ярославской семинарии учителем — в 1805 году, когда Ярославской епархией начал управлять архиепископ Антоний (Знаменский).
Неизвестно, по какой причине Протопопов сразу не продолжил свое образование в высшем духовном заведении, однако полученными в семинарии знаниями он не ограничился, постоянно их приумножая. Несколько лет он обучал в школе русскому, греческому и латинскому языкам, поэзии и риторике, проводил катехизические беседы по воскресным дням. Двухсот рублей, скромной суммы, которую он получал за все труды в преподавании, едва хватало на личное содержание и покупку книг. В свободное время Александр занимался переводом (перевел с латинского языка изложение «Апостольского символа» Пеарсовия), любил читать Священное Писание с помощью толковников. Нередко удалялся он для своих размышлений в уединенные места, на берега Волги, в окружавшие Ярославль рощи. У него было желание остаться навсегда в Ярославле и поступить в епархиальное ведомство, найдя себе жену по сердцу. В одной из ярославских церквей как раз открылось свободное диаконское место. Избрав невесту, учитель Протопопов подал Преосвященному Антонию (Знаменскому) прошение о поступлении на это место, однако Промысл не судил быть ему диаконом, а готовил для высшего служения Церкви. Необходимо было получить одобрение у прихожан, но, несмотря на стройный голос и благообразный внешний вид Александра, те одобрения не дали, сочтя, что недостает у него сильного баса и большого роста (необходимых, на их взгляд, для диакона). Неожиданное препятствие сильно подействовало на учителя Протопопова. Он увидел в этом призвание Божие к ученым занятиям и уединенной жизни: с этого времени решился вести жизнь безбрачную и когда-нибудь поступить в монашество. Повсюду искал он средств к удовлетворению своей жажду познаний, что и побудило его оставить родину и ехать в С.-Петербургскую духовную академию.
В конце 1808 года готовились реформы в системе духовных училищ, и С.-Петербургской академии (бывшей Невской семинарии) они касались в первую очередь: именно оттуда должны были выйти достойные наставники и преобразователи для семинарий и училищ. Созданный комитет возглавлял Новгородский митрополит Амвросий (Подобедов). К 15 января 1809 года велено было явиться 93 студентам из трех академий, из харьковского коллегиума и 22 семинарий (по нескольку воспитанников). От абитуриентов требовалось знание двух иностранных языков, благонравие, хорошие способности, отсутствие телесных недостатков и возраст не старше 23 лет. Все эти качества имел Александр Протопопов. В числе пяти ярославских студентов и он изъявил желание поступать. Зная его дарования и усердие в учебе, архиепископ Антоний одобрил и благословил его намерение. Приемный экзамен в новооткрытой академии Александр выдержал с честью. 17 февраля 1809 года начались занятия. Курс академических наук Протопопов завершил в числе отличных студентов (а именно вторым магистром), в 1814 году, когда ему было уже 30 лет.
Все обстоятельства его жизни, желание преподавать богословские науки (что поручались преимущественно монашествующим лицам), стремление к уединению побудили Александра Протопопова постричься в иноческий сан. На 31-м году жизни он принял монашество с именем Афанасий. По пострижении оставлен при С.-Петербургской академии не только бакалавром, но и инспектором. Посвященный в иеродиакона и затем в иеромонаха, он был вскоре произведен в архимандрита. В течение двухлетнего преподавания в академии инспектор Афанасий соединял строгость со снисхождением и во всем был правдив. В марте 1816 года архимандрит Афанасий переведен ректором в Казанскую духовную академию, где пробыл недолго. И вскоре был назначен в Тверь, также ректором, профессором богословия в Тверской семинарии и архимандритом первоклассного Колязина Макарьева монастыря. С радостью он получил известие о переводе, по его словам, «из неустроенной Академии в устроенную Семинарию». В Тверской духовной семинарии Афанасий особенно прославился преподаванием богословия. Наставники воодушевлялись примером ректора. Его богословские лекции, наполненные герменевтическими, историческими и археологическими изысканиями, были импровизированы языком ясным и отчетливым. Их записывали многие из учащихся (эти лекции Афанасия составили потом любимое чтение для учеников, священников и других духовных лиц). За время своего пятилетнего управления он многое сделал для семинарии: кроме дара отличного преподавателя, Афанасий имел талант открывать дарования в учениках и возбуждать ревность к занятиям. Будучи ректором в Казани и в Твери, Афанасий собирал материалы о церковных древностях. В Тверской семинарии он начал составлять свои записки по богословию. Однако довести до конца эти занятия не сумел, так как в начале 1823 года был вызван в С.-Петербург на чреду священнослужения и, помимо других поручений, исполнял еще должность законоучителя в Первом кадетском корпусе.
Около того же времени скончался киевский викарий, епископ Ириней (Фальковский). На его место и был определен находившийся на чреде священнослужения ректор Тверской семинарии Афанасий (Протопопов). В епископа хиротонисан он 29 июля 1823 года, имея 40 лет от роду. Подобно другим викариям, своим предместникам, он носил наименование епископа Чигиринского, а жил в управляемом им Киевском первоклассном Злато-Верхо-Михайловском монастыре. В 1826 году, по представлению Киевского митрополита Евгения, Афанасий награжден орденом св. Владимира 3-й степени, а 23 октября того же года был переведен в Нижний Новгород, на место уволенного на покой епископа Мефодия (Орлова).
В Нижний Новгород Афанасий прибыл 18 января 1827 года. В воскресенье, 23 января, он имел торжественный вход в Кафедральный собор, где и совершил первую литургию. В памяти своих современников Афанасий остался как пастырь добрый и усердный к выполнению своих обязанностей, но и требовательный к другим. Он строго преследовал нетрезвость и корыстолюбие. Суд его в епархиальных делах был прозорлив, беспристрастен, а потому и справедлив; более строг, нежели снисходителен. Перед его правдивым судом были равны все, в том числе и стоявшие на самых почетных местах в епархии. Несмотря на строгость Афанасий заслужил любовь и уважение. Его ум и устные наставления не могли не нравиться. Его церковное служение было величественно и возбуждало особенное благоговение. При торжественных процессиях Преосвященный всегда бывал сам. Имея вкус к пению, требовал от певчих высшего совершенства. Особенную заботу проявил он о духовном просвещении в Нижегородской епархии, искореняя пороки и суеверные обычаи. Проповедуя сам в дни праздничные, он внушал то же и духовенству; свою ревность к чтению духовных книг он сообщал и пастве. И его приказания, не только письменные, но и устные, не оставались без исполнения. Он умел держать подчиненных в повиновении и приучать их к благочинию и порядку, наказывая одних и награждая других.
Имея отличный вкус ко всему высокому и изящному, Афанасий не оставлял без внимания и внешнего устройства Нижегородской епархии. По его распоряжению было построено и возобновлено несколько церквей, обновлен архиерейский дом, устроена Крестовая церковь (по случаю перестройки целый год пришлось Преосвященному жить в доме князя Грузинского). При Афанасии завершалось построение большого семинарского корпуса (средства на это были испрошены еще Преосвященным Моисеем). При нем же утверждена была смета, представленная Мефодием (Орловым), на построение Кафедрального собора взамен обветшавшего. И Преосвященный Афанасий своею рукою, 26 мая 1830 года, полагал первый камень для его основания. Немало заботился он о продолжении работ в Кафедральном соборе, хотя и не успел дождаться их окончания, освятить и отправлять в построенном соборе свое благолепное служение.
Несмотря на свои труды во вверенной ему епархии, Преосвященный Афанасий при отъезде из Нижнего Новгорода с откровенностью говорил приближенным, что более занимался учеными, нежели епархиальными делами. Особенно заботился он о благе семинарии. В продолжение пяти с небольшим лет Афанасий заслужил любовь и уважение у многих своим умом и благородным обращением. Во время управления Нижегородской епархией он награжден орденом св. Анны 1-й степени.
В начале 1832 года освободилось архиепископское место в Тобольской епархии. Архиепископ Павел, которого Афанасий встречал и провожал в 1831 году в Нижнем Новгороде, скончался в Тобольске на первом году своего правления. Преемником Павлу 24 января 1832 года был назначен Афанасий (Протопопов), с возведением его в сан архиепископа. В последний раз служил он в нижегородском теплом Скорбященском соборе (позже разобранном). Выезд его назначен был 1-го марта. В этот день, на первой неделе Великого поста, Афанасий со скорбью прощался со всем нижегородским духовенством в своем архиерейском доме.
В Тобольск Афанасий прибыл 23 марта 1832 года и управлял Тобольской епархией десять с половиной лет. Как и в Нижнем Новгороде, он много трудов полагал на просвещение. При нем в епархии обращено несколько тысяч раскольников, отчасти в православие, частью к единоверию. Под покровительством Преосвященного это совершалось тобольскими и пермскими миссионерами. За свою деятельность в Тобольской епархии Афанасий получил орден св. Владимира 2-й степени.
Внутреннему устройству обширной своей епархии Афанасий содействовал и внешним порядком. В Сибири приходы были большей частью многолюдны, от 1000 до 1500 душ мужского пола. Однако и расстояния от деревень до приходских церквей были очень велики. Духовенство имело большие неудобства к исправлению треб, а народ, не посещая храмов, склонялся к расколам. Афанасий употреблял все возможные средства к построению церквей на заселенных местах; при новых храмах, по его распоряжению, устраивались вместе с ризницами библиотеки для просвещения и духовных, и мирян.
Свое архипастырское внимание обратил Афанасий и на Тобольскую семинарию. Он значительно умножил ее библиотеку, особенно по части богословских наук, истории и географии. Выписывая сам книги, он указывал семинарскому правлению, какие нужно приобретать сочинения. Немало жертвовал Преосвященный и личных своих книг.
До самой кончины своей Афанасий не охладевал к наукам. В Тобольске занимался собранием минералогического кабинета, не теряя интереса к археологии, истории и древним языкам. Архиепископ Афанасий в кругу мужей просвещенных занимал почетное место. На приумножение своей библиотеки он жертвовал всеми доходами и жалованьем (за исключением необходимых расходов, в том числе на содержание бедного брата с семейством). Библиотека Преосвященного, состоявшая из 1310 томов, была богата по редкости и достоинству книг и атласов. Все лучшее на языках латинском и французском можно было найти в его библиотеке, а также отличные произведения по части богословия и Священного Писания, церковного красноречия, канонического права, философии, естественных наук, церковной и гражданской истории, церковных и гражданских древностей, географии, путешествий, словесности и искусств. Обширная библиотека Афанасия не была мертвым, бесплодным хранилищем книг. Владея основательными познаниями в языках древних и французском, Преосвященный занимался чтением и размышлением. Оттого и приобрел он большие познания, помимо Священного Писания, в науках богословских, исторических, археологических, в географии и литературе. Богатыми знаниями владел он и в естественных науках, особенно в зоологии, минералогии и геологии. Его ученость была известна многим не только в отечестве, но и за границей. За два года до неожиданной своей смерти он выучился итальянскому языку и хотел изучить английский, но намерениям его не суждено было сбыться.
Суровый и гнилой климат Тобольска в короткое время расстроил слабое здоровье Афанасия. Довольно скоро по приезду в Тобольскую епархию 50-летний архиепископ покрылся сединами. Те, кто видел Преосвященного за несколько лет прежде, едва узнавали его. Больному архиепископу нередко приходилось отказываться от священнослужения, когда он уже готов был идти в храм, а иногда даже оставлять службу, начав ее. Оттого Преосвященный Афанасий в Тобольске не мог служить часто.
Чувствуя губительное влияние тобольского климата на свое здоровье, Афанасий решился просить высшее начальство о своем перемещении в одну из великороссийских епархий, либо об увольнении на покой (с тем, чтобы переехать в Ярославскую епархию, которую он пламенно любил до конца жизни). Но желание Преосвященного не исполнилось. Предвидя приближение смерти, он, всегда благочестивый, начал еще более преуспевать в благочестии, посвятив все время чтению Священного Писания и отцов Церкви. Тяжко страдая от болезни, он встретил смерть спокойно и с твердой верой. Кончина последовала 21 сентября 1842 года, на 60-м году от рождения. Торжественное погребение совершено 26 сентября тобольским духовенством, оплакавшим своего мудрого архипастыря. Память его при выносе и погребении почтена была, кроме речей, двумя надгробными словами, произнесенными ректором семинарии и кафедральным протоиереем.
К сожалению, богословские записки, речи, проповеди Афанасия, а также его переводы с других языков практически не были опубликованы. Из всех его трудов напечатано, и то против его воли, только четыре проповеди: две в опытах студентов С.-Петербургской академии, одна особо, произнесенная при избрании судей дворянства С.-Петербурга, и одна в «Христианском чтении» за 1829 год (на Преображение Господне, произнесена в Нижнем Новгороде). Все они отличались стройностью изложения, отчетливостью в мыслях, твердостью доказательств, и более того назидательностью, которая заставляет человека обращаться к себе самому и в душе своей произносить строгий суд над своими действиями.
Из книги «Святители земли Нижегородской». Авторы-составители: архимандрит Тихон (Затекин) и О. В. Дегтева. Нижний Новгород, 2003 год.