Епископ Филарет, в миру Фома Малишевский, родился в с. Рогино Рогачевского уезда Могилевской губернии, сын священника Феодора. Обучался сначала в Полоцкой духовной семинарии, а затем при Виленском университете в Главной духовной семинарии. В 1830 году окончил курс со степенью магистра богословия и в том же году определен учителем французского и славянского языков в Полоцкую духовную семинарию. В том же году, 8 ноября, рукоположен в священника. С 1830 по 1833 год, по распоряжению высшего начальства, был слушателем словесных наук в С.-Петербургском университете и вскоре определен профессором статистики, французского и немецкого языков в Полоцкую семинарию. В июне 1833 года переведен профессором церковной истории, греко-восточных обрядов, церковного пения и французского языка в Литовскую семинарию, где в 1834 году определен секретарем Правления семинарии, а в 1836 году назначен членом Литовской духовной консистории с увольнением от должности секретаря.
В 1835 году за отличные способности и ревностную службу награжден набедренником, а в 1837 году возведен в сан протоиерея. В том же году переведен инспектором и профессором в Полоцкую семинарию. В 1839 году за понесенные труды сопричислен к ордену св. Анны 3-й степени. В феврале 1840 года определен ректором Полоцкой духовной семинарии и председателем Полоцкой духовной консистории. 10 августа того же года пострижен в монашество, с возведением на другой день в сан архимандрита.
В 1841 году назначен членом Епархиального Попечительства, а в 1843 году — благочинным монастырей той же епархии; пожалован орденом св. Анны 2-й степени. По назначению Святейшего Синода производил в 1845 году ревизию Смоленской духовной семинарии, за что в 1846 году объявлено ему благословение Св. Синода. В 1847 году пожалован орденом св. Владимира 3-й степени.
В 1849 году назначен ректором Литовской духовной семинарии, настоятелем Виленского Свято-Троицкого монастыря, членом Литовской духовной консистории, благочинным монастырей Виленской и Ковенской губерний, попечителем Литовского епархиального попечительства и цензором Виленского комитета гражданской цензуры.
30 апреля 1851 года именным Высочайшим указом архимандрит Филарет утвержден епископом Ковенским, викарием Литовской епархии: 28 мая хиротонисан в епископа в Виленском кафедральном соборе. В 1854 году сопричислен к ордену св. Анны 1-й степени. В бытность его викарием Филарет, по поручению митрополита Иосифа, часто производил обозрение церквей, училищ и монастырей епархии. В 1857 году получил бронзовый крест и медаль в память войны 1853-1856 гг.
13 сентября 1860 года Преосвященный Филарет перемещен на кафедру Уфимскую. Состоя на этой кафедре, был вызван в Святейший Синод для присутствия там в 1864 и 1865 годы.
28 февраля 1869 года Преосвященный Филарет утвержден на Нижегородскую кафедру. Спустя год, в 1870-м, сопричислен к ордену св. благоверного великого князя Александра Невского. Нижегородской епархией Владыка Филарет управлял в течение почти четырех лет, до своей кончины.
Владыка скончался 7 февраля 1873 года, на 66-м году жизни. 9 февраля тело усопшего святителя было положено во гроб при пении краткой литии и затем перенесено в Крестовую церковь архиерейского дома, где Преосвященным епископом Поликарпом была отслужена панихида. На следующий день, 10 февраля, викарий Нижегородской епархии Преосвященный Поликарп вновь прибыл в Крестовую церковь, где уже ожидало его духовенство со всего города. Сюда же принесено было 30 пар хоругвий, рипид, сделаны были распоряжения относительно колокольного звона. После того, как отслужена была лития, гроб с телом почившего иерарха подняли и понесли на своих руках протоиереи и иереи. На протяжении этого печального шествия во всех храмах города не смолкал звон колоколов. По принесении тела в Спасо-Преображенский кафедральный собор была совершена соборная панихида. 11 февраля при огромном стечении богомольцев были совершены заупокойная литургия и отпевание Владыки Филарета (Преосвященным Поликарпом в сослужении протоиереев, священников и диаконов Нижнего Новгорода). На руках протоиереев гроб был внесен в соборную усыпальницу и затем, по чиноположению церковному, опущен рядом с гробницей прежде почившего иерарха — Преосвященного епископа Нижегородского Моисея. (Как уже было сказано выше, гробницы с телами высокочтимых святителей нижегородских сохранялись в нижнем храме Спасо-Преображенского кафедрального собора до его разрушения в 1929 году. — Прим. Ред.).
Из книги «Святители земли Нижегородской». Авторы-составители: архимандрит Тихон (Затекин) и О. В. Дегтева. Нижний Новгород, 2003 год.